按照控制对象的不同，洁净室可分内工业洁净室与生物洁净室两大类。工业洁净室主要应用于电子、航天、航空、机械、能源等工业中，而生物洁净室主要应用于医疗、生物制药、食品、化妆品等事业中。针对两类洁净室，洁净室设计也有不同。

净化对象

工业洁净室的灰尘、粒子只有一次污染，而生物洁净室的微生物、病菌等活的粒子不断生长繁殖，会诱发二次污染。因此，在洁净室设计中，工艺洁净室应着重于控制有害粒径粒子浓度，而生物洁净室须着重于控制微生物的产生、繁殖和传播，同时控制其代谢物。

净化措施

在洁净室设计中，应为工业洁净室着重设计初中高三级过滤，而为生物洁净室设计时，主要着重于过滤和灭菌，消除微生物生长的条件，控制微生物的孽生、繁殖和切断微生物的传播途径。

建筑设计

工业洁净室主要控制对象是灰尘，因此洁净室设计时，所用的材料不产尘、不积尘、耐摩擦。生物洁净室的主要控制对象是细菌，因此洁净室设计时，所有材料应耐水、耐腐、且不能提供微生物孽生繁殖条件。

检测设计

洁净室设计时，应为工业洁净室配备粒子计数器，用于检测瞬时灰尘粒子，而为生物洁净室配备培养皿，经过48小时培养，读出菌落数量，而不能测瞬时值。

人流物流设计

洁净室设计时，须为生物洁净室增加一道灭菌的过程，而工业洁净室则不需要。在人、物品、空气进入生物洁净室之前，都要进行灭菌。而风淋室、洁净服则是洁净室必备的。